Prima dell'inizio della stagione Jupp Heynckes si siede sulla panchina del club, che nella sessione estiva di calciomercato acquista tra gli altri Manuel Neuer, mentre Miroslav Klose si trasferisce alla Lazio. Il Bayern partecipa alla Champions League iniziando dai play-off; qui sconfigge lo Zurigo, e, dopo aver vinto il gruppo si qualifica alla fase ad eliminazione diretta insieme al Napoli. Nello stesso tempo i bavaresi guidano la classifica in Bundesliga, tuttavia il campionato era iniziato con la sconfitta nella partita contro il Borussia Mönchengladbach[1]. La Champions riprende dopo la pausa invernale: i tedeschi sono sconfitti 1-0 nell'andata degli ottavi dal Basilea, ma si qualificano ai quarti grazie alla vittoria per 7-0 nella gara di ritorno. Eliminato poi l'Olympique Marsiglia con un doppio 2-0, in semifinale è la volta del Real Madrid, che viene sconfitto ai calci di rigore. I bavaresi accedono così alla finale, che è in programma proprio all'Allianz Arena, e viene giocata contro il Chelsea: l'incontro viene sbloccato dalla rete di Thomas Müller all'ottantatreesimo, ma cinque minuti dopo Didier Drogba pareggia. Nei tempi supplementari il Bayern ha la possibilità di portarsi in vantaggio su calcio di rigore, ma Petr Čech riesce a parare il tiro di Arjen Robben. Si va così ai calci di rigore, e qui gli inglesi conquistano la coppa vincendo 4-3. Intanto il Bayern in campionato è arrivato secondo alle spalle del Borussia Dortmund; i gialloneri hanno la meglio anche nella Coppa di Germania, dove sconfiggono i bavaresi per 5-2 nella finale della manifestazione.
^Player Rater – Top Player – Didier Drogba, in UEFA.com, Union of European Football Associations. URL consultato il 19 maggio 2012 (archiviato dall'url originale il 22 maggio 2012).
^Player Rater – Top Player – Petr Čech, in UEFA.com, Union of European Football Associations. URL consultato il 19 maggio 2012 (archiviato dall'url originale il 6 gennaio 2014).